EMOTIV biedt de gebruiker de mogelijkheid om een aantal Mental Commands te maken en uit te voeren. Om consistentie en een eenvoudig bereik van mogelijke acties te bieden, bevat elk gebruikersprofiel ruimte voor trainingsgegevens voor maximaal 15 verschillende commando's, die intern gelabeld zijn als COMMAND1 tot COMMAND15. Elke COMMAND-slot slaat een LABEL op (bijvoorbeeld PUSH, DISAPPEAR, FIRE of WIND) en een koppeling naar een aangepaste animatie die kan worden uitgevoerd. Emotiv Insight Control Center ondersteunt animaties voor PUSH, PULL, LIFT, DROP, LEFT, RIGHT, ROTATE LEFT, ROTATE RIGHT, ROTATE FORWARDS, ROTATE BACKWARDS, ROTATE CLOCKWISE, ROTATE ANTICLOCKWISE, DISAPPEAR, maar ontwikkelaars kunnen vrij hun eigen Commands voor elke applicatie definiëren.

De eerste stap bij het maken van Mental Commands is het systeem te trainen om je mentale achtergrondtoestand te herkennen, de zogeheten NEUTRAL-conditie, door een korte periode van je hersenpatronen op te nemen terwijl je niet probeert Commands uit te voeren. Het trainen van een nieuw Mental Command is zo eenvoudig als het selecteren van het gewenste Command-label in de trainingsmodus en vervolgens 8 seconden lang de gevolgen van het Command voorstellen (bijvoorbeeld: stel je voor dat het doelobject omhoog de lucht in zweeft voor het LIFT Command), terwijl het systeem de mentale patronen registreert die je met het Command wilt associëren.

Het Command is daarna live en je kunt het testen en oefenen. Na een paar herhaalde pogingen en zoveel trainingsupdates als je wilt, is je Command klaar voor gebruik en wordt de samenvatting van de trainingsgegevens opgeslagen in je gebruikersprofiel. Hoewel je een profiel al kunt gaan gebruiken nadat je een Command slechts één keer hebt getraind, raden we sterk aan om de training voor elk Command en voor je Neutral-toestand te herhalen. Hoe meer training je doet, hoe beter het systeem het patroon van hersenactiviteit kan detecteren dat met je Command-gedachte geassocieerd is EN hoe beter jij leert hoe je die gedachte in je geest opnieuw kunt oproepen.

Bij normaal gebruik kan de gebruiker uit de lijst van maximaal 15 getrainde Mental Commands 1, 2, 3 of 4 Commands selecteren die op dat moment actief zijn. Wanneer een van de actieve Commands door de gebruiker wordt uitgevoerd, wordt het gewenste resultaat of de animatie geactiveerd. Dit kan simpelweg het verplaatsen van het doelobject op het scherm zijn, of je kunt elk Command koppelen aan specifieke uitvoer, zoals toetsaanslagen, muisklikken, dubbele tikken enzovoort.  Je kunt ook de acties van gamepersonages besturen of zelfs uitvoer geven aan een afstandsbedieningssysteem om je lichten te dimmen, het tv-kanaal te wijzigen, met je op afstand bestuurbare helikopter te vliegen of de aarde te verplaatsen (actuator niet inbegrepen).