EMOTIV ofrece la oportunidad al usuario de crear y ejecutar una serie de Comandos Mentales. Para proporcionar consistencia y una gama simple de acciones posibles, cada perfil de usuario contendrá espacio para datos de entrenamiento para hasta 15 comandos diferentes, que están etiquetados internamente como COMMAND1 a COMMAND15. Cada espacio de COMMAND almacenará una ETIQUETA (por ejemplo, EMPUJAR, DESAPARECER, FUEGO o VIENTO) y un enlace a una animación personalizada que se puede ejecutar. Emotiv Insight Control Center admitirá animaciones para EMPUJAR, TIRAR, LEVANTAR, DEJAR CAER, IZQUIERDA, DERECHA, ROTAR IZQUIERDA, ROTAR DERECHA, ROTAR HACIA ADELANTE, ROTAR HACIA ATRÁS, ROTAR EN HORARIO, ROTAR EN SENTIDO ANTIHORARIO, DESAPARECER; sin embargo, los Desarrolladores podrán definir libremente sus propios Comandos para cada aplicación.

El primer paso para crear Comandos Mentales es entrenar el sistema para reconocer tu estado mental de fondo, la llamada condición NEUTRAL, grabando un breve periodo de los patrones de tu cerebro mientras no intentas ejecutar ningún Comando. Entrenar un nuevo Comando Mental es tan simple como seleccionar la etiqueta del Comando deseado en modo de Entrenamiento, imaginar las consecuencias del Comando durante 8 segundos (por ejemplo, imaginar el objeto objetivo flotando en el aire para el Comando LEVANTAR) mientras el sistema graba los patrones mentales que deseas asociar con el Comando.

El Comando está entonces en vivo y puedes probarlo y practicarlo. Después de algunas pruebas repetidas y tantos actualizaciones de entrenamiento como desees, tu Comando estará listo para ser utilizado y el resumen de los datos de entrenamiento se almacenará en tu perfil de usuario. Aunque puedes comenzar a usar un perfil después de entrenar un Comando solo una vez, te recomendamos encarecidamente que repitas el entrenamiento para cada Comando y para tu estado Neutral. Cuanto más entrenamiento realices, mejor podrá el sistema detectar el patrón de actividad cerebral asociado con tu pensamiento de Comando Y mejor será en aprender a recrear ese pensamiento en tu mente.

En el uso normal, de la lista de hasta 15 Comandos Mentales entrenados, el usuario puede seleccionar 1, 2, 3 o 4 Comandos que estén actualmente activos. Cuando uno de los Comandos activos es ejecutado por el usuario, se activará el resultado o animación deseada. Esto puede ser simplemente mover el objeto objetivo en la pantalla, o puedes vincular cada Comando a salidas específicas como pulsaciones de tecla, clics del mouse, toques dobles y así sucesivamente.  También puedes controlar las acciones de personajes del juego o incluso emitir a un sistema de control remoto para atenuar tus luces, cambiar el canal de la televisión, volar tu helicóptero controlado a distancia o mover la Tierra (actuador no incluido).